一般在临床上卵巢巧克力囊肿做完手术后，应该可以在一段时间内怀孕的。因为卵巢巧克力囊肿容易复发。如果在手术后间隔的时间过长，则有可能失去了怀孕的最佳时间。一般建议在手术以后三个月到半年左右就可以考虑怀孕了，如果（恢复）时间过短，女性身体还没有恢复正常，则不能够耐受怀孕的。如果女性在做完卵巢巧克力囊肿手术后，长时间不怀孕，超过一年以上，再有妊娠的打算，容易出现巧克力囊肿的子宫内膜异位病灶复发，或者盆腔粘连，此时则会影响女性怀孕，甚至会导致不孕症的发生，所以一般建议在术后三个月到半年可以考虑怀孕。

潮热、盗汗、骨质疏松、烦躁、失眠、耳鸣、不来月经。卵巢巧克力囊肿是属于最常见的子宫内膜异位症，对于小的巧克力囊肿，可以进行药物保守治疗，但并不能将其治愈。如果巧囊已经超过5厘米，这时保守治疗效果不佳，就只能够考虑行腹腔镜手术将其切除，术后需要肌注曲普瑞林来避免巧囊的复发。由于肌注曲普瑞林是造成女性的假绝经，会抑制女性的下丘脑和垂体以及卵巢功能，因此最常见的副作用，就是会在肌注以后有潮热、盗汗的更年期症状。还可能出现骨质疏松表现，同时有的女性还会有烦躁、失眠、耳鸣症状。在肌注以后，女性暂时不会来月经，所以还可能会出现阴道干涩、性欲下降等副反应，但通常在停药以后，这些副反应表现就会自然消失。

巧克力囊肿手术后建议要在术后一个月才可以安排同房。巧克力囊肿会引起进行性加重的痛经表现，出现卵巢囊肿的破裂或者扭转，甚至会影响女性的生育功能，导致女性不能正常怀孕。对于大于5公分的巧克力囊肿，需要通过腹腔镜手术将卵巢巧克力囊肿切除，术后再继续肌注亮丙瑞林，或者曲谱瑞林来治疗将巧克力囊肿治愈。手术以后，女性恢复的时间通常是在7~14天左右，过早同房会影响盆腔的恢复，从而出现盆腔炎症，甚至是腹部疼痛等不适现象，因此不能过早安排同房。如果过早同房导致盆腔炎症出现，只能考虑静脉使用抗生素或者口服抗生素来进行抗炎止痛治疗。

巧克力囊肿会引起不孕。卵巢巧克力囊肿又称为卵巢子宫内膜异位囊肿，主要症状是下腹痛、痛经、不孕及性交不适。巧克力囊肿不孕率高达40%。引起不孕的原因主要有：盆腔微环境改变影响精卵结合及运送，免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能、卵巢功能异常导致排卵障碍和黄体形成不良等。此外，未破裂卵泡黄素化综合征在巧克力囊肿中具有较高的发病率。对于有生育要求的巧克力囊肿女性，虽然有时候囊肿不大小于4cm，在积极备孕，且排除排卵异常及丈夫精液的问题，半年左右还不成功怀孕，可以考虑腹腔镜检查，在剥除囊肿的同时还可以进行输卵管通液，分解周围粘连。因为这种囊肿不会随着时间而自行好转，目前也没有很好的药物可以根治，如果不手术，卵巢功能的破坏和盆腔粘连越来越严重，导致手术效果不好，术后复发率极高，且怀孕几率大大降低。首选腹腔镜手术，术后可以增加怀孕的几率。

当巧克力囊肿没有得到一定的治疗发生越来越大的情况下很容易出现巧克力囊肿破裂的情况，如果巧克力囊肿出现了破裂严重的时候有可能会致命危险，因为巧克力囊肿的囊液有很大的侵蚀性。巧克力囊肿目前来说，一般医生大多数都是推荐治疗的，当然也有一些人对治疗无论是药物手术都有恐惧，当然也有一些比较偏远的地方或者经济比较差的一些家庭，不能承受选择了不治疗。当然其实不治疗，如果没有症状，只是慢慢的发展、慢慢长、发生恶变的概率也是比较低，主要是巧克力囊肿增大还有引起的一个周围的炎症反应，机能粘连引起一个慢性的疼痛、不孕这一些情况，当然到后期来说有可能就是不能手术，只能用药物治疗了。巧克力囊肿大多生长在女性朋友的卵巢当中，当得了巧克力囊肿就代表卵巢出现一定的问题。大家都知道女人怀孕是和卵巢有很大的关系的，所以得了巧克力囊肿就一定会影响卵巢的正常功能，从而影响怀孕的。针对于没有生育过的女性朋友来说这是非常严重的问题，所以在没有生过孩子又有生育要求的人来说如果巧克力囊肿不治疗就会容易不孕。另外巧克力囊肿虽然是良性疾病很少发生恶变。但是却有增生、破裂、浸润、转移及复发等恶性行为。