艾滋病病毒的主要攻击目标是人体的免疫系统，它首先侵入免疫系统—CD4+T淋巴细胞内，或侵入巨噬细胞等其它细胞。受染者体内的免疫系统和病毒进行持续的博斗，病毒不断的复制和不断的清除，造成CD4+细胞的破坏。当免疫系统损害到一定程度时，许多细菌、病毒和其他的微生物乘虚而入，从而引起一系列的机会性感染和恶性肿瘤的发生，其它系统亦受到损害。