肠道菌群的生理改变在一般情况下，仍然保持着与机体之间的生态平衡关系，但是有时在生理性改变的基础上，再加上病理性因素的参与就可能造成肠道菌群的数量与各菌种的比例发生较大幅度的变化，超出正常范围并由此产生一系列的临床表现，称为肠道菌群失调。