疱疹性咽峡炎的疱疹仅仅出现在口腔内，患手足口病的大多数孩子先是嗓子里有疱疹，发展到手脚心，少见于长在手脚背，伴有发烧。出的疹子一般如小米粒或绿豆大小，周围有发红的灰白色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒不结痂。另一个重要区别是，咽峡炎虽然可能合并细菌感染，不出现脑炎等并发症，几乎不会出现重症、发生生命危险。手足口病的少数则可引起心肌炎肺水肿、无菌性脑膜脑炎等并发症，重症患儿如果病情发展快，会导致死亡。