癫痫难治愈的原因有以下两方面：
1、人为因素；如诊断错误、忽视了促发因素、忽视了病因药物运用（处理）不当。
2、更重要的原因在于这类疾病本身的复杂性。近年随着对这类疾病的深入研究，大量的研究结果表明，直接导致癫痫发作的并不是脑部的癫痫病理灶，而是致痫灶。