因为有许多其他紊乱会影响大脑，这些紊乱作为主要的或者是一种更为广泛的问题的一部分，均可引起癫痫。这些情况包括孤独症、代谢异常（如线粒体、氨基酸及贮积障碍）、染色体异常（如21三体 [Down综合征]、脆性X、环20染色体）以及神经皮肤异常（涉及神经和皮肤，如结节性硬化症和神经纤维瘤病）。