造成胎儿唇裂的原因有内在和外在原因，内在原因是遗传基因造成的，唇腭裂有相当部分是遗传的，直系亲属有唇裂者，其后代发生该病的比率为4％左右。一般唇腭裂发生在第一胎的概率为1/600，如果第一胎是唇腭裂的在第二胎发生唇腭裂的几率为3/100，内分泌失调的问题也会导致胎儿唇裂，精神性或损伤性因素，如遭到强烈的精神刺激、身体外部遭损伤等。