胆汁反流主要是胃功能失调引起的。临床上是因为十二指肠乳头肌出现功能障碍，食物通过十二指肠时，乳头未开放，导致胆汁无法排出，待食物进一步下移后，无食物混杂，胆汁随后排出，通过胃的逆运动将其排入胃内，从而形成胆汁反流。而造成乳头肌功能障碍的原因有多种，首先是患者伴胆囊炎、胆结石，无论其手术与否，均易造成十二指肠乳头功能障碍。此外若患者情绪不佳，会由于神经系统调节功能障碍，而造成乳头功能障碍，从而引起十二指肠反流。