腺病毒性肺炎很容易发生继发感染，以细菌感染为主要的表现，如黄色葡萄球菌、大肠杆菌、肺炎链球菌、肺炎肺杆菌和铜绿假单胞菌。因为腺病毒肺炎后抵抗力会很差，孩子的精神状态也很差，感染腺病毒肺炎后会使用抗生素，所以治疗时间长，以后也容易继发真菌感染，会有少量合并支原体感染。