腺病毒性肺炎容易引起并发症，并发症以继发感染为主，最常见的继发感染是细菌感染，如金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、肺炎链球菌、肺炎链球菌、铜绿假单胞菌等继发感染，因为腺病毒肺炎后抵抗力会很差，孩子的精神状态也很差，腺病毒肺炎感染后会使用抗生素，所以治疗时间也长，以后也容易继发真菌感染，有少量合并支原体感染。