儿童特发性身材矮小症病因主要还是考虑与家族有关，如果有家族性矮小的情况存在，儿童很大的几率就会出现特发性身材矮小。排出家族的因素之外，儿童特发性身材矮小与发育延迟也有一定关系，特别是在青春期，青春期的特征出现与其他同龄的孩子相比明显延迟。