出生后不久未发现胎粪排出、腹胀和呕吐。如果瘘管狭窄，便不能排出胎粪，或只能排出少量的胎粪。患儿进食后出现呕吐，然后呕吐大便样物质，逐渐发生腹胀。大瘘管在出生后一段时间内不会引起肠梗阻，但会在数周至数年内逐渐引起排便困难。直肠高位闭锁，肛门及肛管正常，尿道未见粪尿或浑浊液体排出。直肠指征可以发现直肠闭锁。女孩常伴有阴道瘘。尿瘘几乎总是发生在男孩身上。尿道口及胎粪通气是直肠瘘的主要症状。