早上起床后有咳嗽，主要是感冒，咽喉炎，支气管炎，支气管肺炎等疾病引起的，早上起床时体位发生变化，气管和肺泡内的痰液随着体位的移动刺激气管和肺泡，引起咳嗽，痰的症状。如果反复出现这种症状，就有必要到医院接受肺CT检查，进行血液检查，进行痰检查明确诊断，积极地进行治疗。如果检查是细菌性感染引起的，则有必要用敏感的抗菌药进行治疗，也有必要用止咳祛痰的药进行综合治疗。