小儿急性肠系膜淋巴结炎的原因主要有：第一，根据儿童的年龄特征决定，儿童年龄小，肠系膜屏障功能差，会引起小儿急性肠系膜淋巴结炎。
第二，是由感染引起的，小儿急性肠系膜淋巴结炎的解剖结构的脆弱是由内部因素、肠系膜淋巴结的炎症及呼吸道感染发生后出现的。
第三，胃肠道感染，会直接通过周围淋巴管，引起小儿急性肠系膜淋巴结炎。