大部分厌氧菌肺炎不会留下后遗症，除非是重症肺炎或间质性肺炎，可能会留下钙化点或纤维化，有一段时间咳嗽或吐痰的症状。如果发现肺炎，要迅速应用抗感染治疗，痰多的时候使用止痰药。重症肺炎或间质性肺炎如果治疗好转后，大部分会随着时间的推移吸收，也不会特别严重。