胆脂瘤的发病原因总体上分为先天性和后天性两种，先天性被认为来源于胚胎性残留上皮，常见于岩尖、乳突和中耳。后天性胆脂瘤分为两种，继发于慢性化脓性中耳炎称为后天性继发性胆脂瘤，继发于中耳渗出液称为后天性原发性胆脂瘤。颅内胆脂瘤现在被认为是胚胎肌妊娠3~5周，神经管关闭时混入了外胚层成分。外伤也被认为是胆脂瘤发病的原因之一，颅内外胆脂瘤的形成原因有负压内陷说、上皮侵入说、基底细胞增殖说和化生说。