纤维肌痛综合症预后一般较好，但患者不配合医生无法明显改善。患该病第一年的病情没有明显恶化，但随着病程的延长，有的患者不能按医嘱服药，自己停药后容易反复，有的患者不断求医、滥用药物，病情不能良好控制，疼痛加重，严重影响生活质量，最严重的后果有可能出现一些睡眠的障碍，甚至抑郁症或是精神障碍。