到目前为止，唇腭裂的致病因素还不能完全确定。但是有可能与下面几个因素有关：遗传因素：遗传学研究证明，本病为多基因遗传性疾病。环境因素：如怀孕期间维生素的缺乏，母亲在怀孕期间感染病毒，接触X射线、激素或抗肿瘤药物、抗组胺药、烟酒刺激等，都可能造成遗传基因的突变等一系列畸变。另外，孕妇长期吸烟和酗酒导致胚胎发育异常是其中一个原因。