慢性腹泻患者可以选择服用具有健脾止泻作用的一些中药方剂进行调理，一般可用水煎服葛根岑连汤等，也可服用绿梅止泄颗粒一类中成药，或者是选择口服益生菌类和止泻药物来治，同时，最好是多吃茯苓大米粥和山药莲子粥等可以起到食疗作用的食物。

出现慢性腹泻后可以吃磺胺类药物，该类药物有很好的止泻疗效，不过服药时最好遵听医嘱。如果腹泻情况比较严重，则可以应用吸附性止泻药。另外，因细菌、真菌引起的慢性腹泻，可服用抗生素来抑菌杀菌，达到治疗目的。而中药上可以服用人参健脾丸、六君子丸、附子理中丸等中成药来治疗慢性腹泻。

慢性腹泻可以对症服用中成制剂治疗，若是与湿热下注病症有关，可以服用葛根岑连丸。脾肾阳虚者可以选择服用四神丸，在存在有脾肾虚寒一类病灶时则可以改用泻痢固肠丸。除此之外，还可以服用参苓白术丸、调脾止泻丸以及枳实导滞丸一类中成制剂。文中药物仅供参考，需遵医嘱谨慎用药。

慢性腹泻会引发的并发症之一就是感染，除了一般的感染之外，还包括真菌感染，甚至是全身性的真菌病。再就是会出现营养不良以及维生素缺乏症，这也是慢性腹泻常见的并发症之一。除此以外，慢性腹泻的并发症还包括病毒性心肌炎以及中毒性肝炎。

临床上确诊慢性腹泻可以根据所出现的各种不良表现，如果发现有持续性腹泻及腹痛发烧等症状，就需要高度怀疑该病发生。同时需要借助于粪便常规检查和粪便细菌学培养检查来确定病情，且要接受消化道内镜和呼气试验方面的检查，必要时可做超声波和影像学检查项目。