根除幽门螺杆菌的主要途径是药物治疗，由于幽门螺杆菌的持久性，在药物选择中往往需要及时给药。临床多采用三联疗法和四联疗法。三联疗法是一种抗生素，胃粘膜保护剂和胃酸抑制剂的组合，四联疗法是两种抗生素结合粘膜保护剂和胃酸抑制剂。比较常见的组合是克拉霉素或甲硝唑，联合奥美拉唑和柠檬酸铋钾。