经皮内镜下胃造口术后并发症可分为急慢性并发症，其中严重并发症占1%~4%。大多数急性并发症是由内镜手术引起的。罕见的急性出血病例，是由于穿刺部位出血或放置导丝导致食管远端撕裂。严重并发症包括：肺炎、腹膜炎穿孔、出血、胃结肠皮肤瘘、严重的造口旁感染或坏死性筋膜炎。常见的轻微并发症包括：导管堵塞或造口旁感染导致关节损伤。