肉芽肿性血管炎的治疗方案以糖皮质激素和环磷酰胺为主，是治疗肾损害和严重呼吸系统疾病的首选。大多数患者经过常规治疗后，病情发展得到控制，未经治疗的肉芽肿性血管炎预后效果比较差，平均生存时间5个月，82%的患者1年内死亡，90%以上的患者2年内死亡。