小的睾丸囊肿不需要治疗的，但是缓慢增大的或者占据睾丸内部体积1/3及1/3以上的囊肿需要积极进行治疗。治疗还是推荐手术切除的办法。在手术切除的时候要注意尽量避免睾丸白膜和附睾区域，像睾丸内供应的血管，切开白膜时应该在无血管区域进行切开。另外也可在显微镜下把囊肿进行完整的剥除，尽量的要减少睾丸内部组织小叶间动脉的损伤。用针把睾丸内囊肿的液体抽吸干净是错误的治疗方法，因为这种情况没有完全的剥除囊肿壁，囊肿再次复发的几率非常大。