卵巢囊肿病因现在并不是很清楚，主要一部分是跟遗传因素有关系。卵巢囊肿也分很多种，比如上皮来源、性索间质和生殖细胞肿瘤，这些大部分与遗传或是基因有关系。再有一种常见卵巢囊肿叫做卵巢子宫内膜异位囊肿，这种囊肿可能与月经血逆流有关系，最主要一个学说是经血逆流。正常女性每个月来月经，月经会通过阴道流出去，但一部分月经血可能会通过输卵管流到盆腔甚至到卵巢上。这部分经血中可能含有些有活性内膜，这些内膜可能种在卵巢上面，随着月经周期改变它也会出血。但是因为这种出血没办法流出去，所以就会形成一个囊肿，这就是常见卵巢子宫内膜异位囊肿。卵巢子宫内膜异位囊肿也有很多其他病因，比如遗传因素或免疫因素；再有是叫体腔上皮化生源学说等很多种因素。