生殖器疱疹的主要治疗原则是抗病毒治疗，同时还应该保护疱疹局部的创面，以及抗感染和对症处理。临床主要选择一些抗病毒的药物，主要分为局部用药和全身用药两种给药方法。可以局部涂抹阿昔洛韦软膏，同时肌肉注射干扰素，也能静脉点滴维生素C注射液，以及西咪替丁注射液，同时配合更昔洛韦注射液进行抗病毒治疗。如果在炎症急性期体温超过三十八点五度时，可以选择服用对乙酰氨基酚或是布洛芬等药物进行退烧治疗。治疗期间要多饮水，避免进行性行为，个人的内衣应该用热水清洗，然后日光暴晒消毒处理。要树立战胜疾病信心，多锻炼身体，提高免疫能力。如果免疫力低下或是没有按照疗程用药，有可能会导致疾病反复发作。如果频繁发作一年至少6次以上，可以使用免疫调节药物或病毒抑制疗法，病毒抑制疗法用药时间较长，可能要半年左右。