肛周脓肿大多是需通过药物治疗、切开引流、做根治等治疗手段才能够治愈。所以，肛周脓肿自愈的可能性很小。有的患者自上一次发生肛周脓肿后，很久没有再次复发，误认为肛周脓肿已经自愈，实际上，可能是在肛门周围遗留了硬结或条索，为日后再次复发埋下了一个祸根。所以，这种情况下不是自愈，只是症状有所缓解。临床上有一种很表浅的脓肿，自己溃破后，内口会愈合，有可能很长时间不会发作，但是这种情况极少。所以，总体上认为肛周脓肿很难自愈。