做了巧克力囊肿手术的患者，比不做手术的患者受孕率要高，所以不会影响生育，只要术后继续服用抑制排卵的药物，让病灶完全萎缩坏死后，就可以备孕了。但是一般手术后，卵巢需要两到三个月的恢复期，在此阶段也需要进行抑制排卵治疗，所以这期间是影响生育的。