慢性萎缩性胃炎的病因，最主要的应该是幽门螺杆菌感染，研究证明，幽门螺杆菌感染与胃炎，消化性溃疡以及胃癌等等有着非常密切的关系。其次，不良的生活习惯，比如说长期烟酒刺激，过多进食油腻辛辣刺激食物，也会导致萎缩性胃炎的发生。再者，家族遗传因素，自身免疫机制，精神因素等，都是导致萎缩的病因。另外，许多药物也会刺激胃黏膜，比如说，非甾体类抗炎药物，糖皮质激素等等。