支气管镜检查是一项有创、侵入性的检查，存在一定的风险或者说危害：缺氧或低氧血症。对于做支气管镜的危害，由于呼吸道疾病高发和治疗技术的进展，现在面对呼吸道，比如不典型的肺部感染或者肺部的异常形态，如肿瘤、结核、自身免疫性疾病，建议比较直接有效的用支气管镜进一步明确或者检查，因为它的优点是可以较小创伤的进一步直观的明确气道和肺部的内部情况，直接进行活检和局部的治疗，可以高速实现诊断和治疗的目的，少走弯路，这是临床积极推广的原因。还可以导致感染、喉头水肿、支气管痉挛等，这些并发症大多数与操作不规范有关，比如消毒不严格、操作比较暴力、麻醉不到位等存在一定的关系。
