做肠镜目的是进行结肠检查，肠镜可以观察到直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠、回盲部以及回盲瓣里面的末端回肠，通过肠镜检查可以看到这些结肠是否有炎症、是否有息肉，甚至是否可能有肿瘤，还可以观察到是否有痔疮。
肠镜检查不仅可直接观察病变部位并留取影像，必要时还可利用活检钳采集少量组织进行病理检查，如肠镜检查怀疑为结肠癌，则需采集少量组织进行病理检查，病理检查如发现癌细胞即可确诊为结肠癌。