绝大多数面肌痉挛发病原因是由血管压迫面神经根部引起，部分是由于面神经瘫痪引起，少数是由桥小脑角区的肿瘤，如胆脂瘤、脑膜瘤、听神经瘤等引起。
最常见的发病原因是血管因素，大概80%到90%的面肌痉挛，是由于面神经根部存在血管压迫。最常见的原因血管包括小脑前下动脉、小脑后下动脉和椎动脉等。
其次，面瘫之后的面肌痉挛，是面瘫之后，面神经的髓鞘病理改变尚未完全恢复，面神经的传导容易泛化引起。桥小脑角区的一些占位性病变，如肿瘤也可以引起面肌痉挛。其常见的原因可能是肿瘤对面神经的直接压迫，也可能肿瘤引起了血管移位从而造成面神经的根部压迫。此外面神经的脱髓鞘病变和多发性硬化等也有可能引起面肌痉挛。