胆管结石形成的原因是由于胆道的感染，胆管变异狭窄，胆汁排流不畅，以及胆道的一些寄生虫或者胆囊结石、肝内胆管结石进入胆道管等。
胆管结石按成因分为原发性的胆管结石、继发性的胆管结石。一般认为原发性胆管结石是胆色素结石为主，继发性胆管结石，为胆固醇性的结石或混合性结石较多。
原发性胆管结石由于胆道的感染，胆管变异狭窄，胆汁排流不畅，以及胆道的一些寄生虫，形成以胆色素结石或是混合性结石为主的结石；继发性胆管结石往往是由于胆囊形成的结石，它排入并停留在胆总管内。也有一部分胆管结石，是由于肝内胆管结石脱落以后进入胆道管，主要是胆固醇性结石，或是胆色素性的结石。不同病因形成的结石不同，不同结石导致的临床病程也不完全相同。