头部不由自主的晃动有如下几种原因：
1、特发性震颤：特发性震颤患者可以发生于任何年龄段，多见于老年人，病因不明，多有家族病史，主要表现有手和头不自主抖动，注意力集中和精神比较紧张时，症状明显加重，休息和睡眠时，抖动减轻或消失。发生在年轻人身上的震颤，大多是良性的震颤，对身体健康一般没有多大的影响。多数患者进展比较缓慢，不会导致患者残疾，一般不需要进行特殊的治疗，但病情严重影响到生活和工作时，可以口服美托洛尔进行治疗。如果老年人出现头部不自主的晃动，需要警惕脑血管病，如果是合并动脉硬化，要考虑脑血栓形成，建议做头部核磁检查。
2、帕金森病：也会引起头不由自主的晃动，以及肌张力障碍的临床症状，多发生在老年人群体，早期可以先不用药物治疗，如果影响日常生活和工作，根据不同的病因给予对症的治疗。
3、脑部疾病：脑血管或者脑部神经出问题，或者创伤引起脑部神经受损，也会表现为头不由自主的摇晃症状，可以做头部的CT或磁共振进行精确诊断，找到相应的病因病灶，及早进行干预。
4、内科疾病也可以引起头部的震颤，比如甲状腺功能亢进、肝性脑病等等，可以做相应的检查进行确诊。
5、有一部分患者服用一些药物以后，尤其是服用一些抗精神病药以后，会诱发一系列的椎体外系副反应，导致头不由自主的晃动。