首先开肠镜检查申请单，同时开清肠的药物。常见的清肠药物有聚乙二醇电解质，同时完成术前的心电图和传染病筛查。如果检查之前有口服降压药等药物，需要及时告知医生。在内镜检查中心预约时间后。检查前三天最好是流质饮食，尽量少吃粗纤维的食物，以便顺利地完成清肠工作。检查当天可进食少许流质饮食，检查前4-6小时，按要求完成清肠准备。口服清肠的药物，直至大便排呈清水样之后，然后可以开始肠镜检查。
肠镜检查如怀疑结肠癌，但病理检查未发现癌细胞，则可能需要再次检查或定期随访。此外即使肠镜检查未发现明显异常，也应遵医嘱定期进行肠镜检查，以便早期发现癌变病灶及早治疗。