耳朵真菌感染多数情况下可以根治，但疗程可能会比较长。
耳朵真菌感染主要就是因为各种原因导致的慢性皮肤疾病，耳朵里面的环境比较适合真菌生长，可能是因为外耳道炎、湿疹、中耳炎等诱发的，也有可能是因为一些疾病导致身体免疫力下降，也有可能会诱发耳朵真菌感染，因此除了需要对症使用抗真菌药物外，例如酮康唑、氟康唑滴耳液等。
还需要针对原发病因治疗，否则耳朵所处的环境仍然适合真菌生长，就会导致耳朵真菌感染反复发作，无法达到根治。