肛瘘的检查首先采用视诊，指诊，还有探针检查，B超检查、核磁和辅助检查。
一、检查体位一般为侧卧位，因为肛瘘在肛门外有破溃口会流脓，当然也有部分肛瘘没有外口，视诊时如果有破溃口或周围有炎性增生，就会怀疑为肛瘘。
二、指诊是用手指沿外口往肛门内摸，看能否摸到管道，表浅瘘管是能摸到像筷子或像锁条一样的异物，这就是瘘管，肛腺一般在肛门内1.5到2公分的位置，摸肛腺是否有凹陷或硬结。
三、探针检查用一根较细的探针，从外口探入，看能否探到管道。
四、专业的B超师能够测出瘘管，尤其是高位复杂性肛瘘。