偏头疼的治疗分为急性期的治疗和缓解期的治疗。如果患者急性发作时，一般可以服用非甾体类的消炎药，像常用的布洛芬、去痛片。如果疼痛还不能抑制，可以选用治偏头疼发作的特异性药物，一般用曲坦类的药物，像佐米曲普坦，安乃近等。
偏头疼有一些诱发的因素，患者要尽量避免这些诱发因素，如避免强光的刺激；在安静的环境中要避免精神的紧张、激动。而且还要尽量少吃一些诱发偏头疼食物，像奶酪、红酒、巧克力、熏制品、熏鱼、熏肉，这些都可能会诱发这种偏头疼。
对于偏头疼的预防发作的治疗，如这种偏头疼的发作频率比较多，一个月大于15次以上，或每次偏头疼发作比较剧烈，严重地影响日常生活、工作，就可以选择预防性用药，现在常用预防用药有很多种，包括β受体阻滞剂，像普萘洛尔、美托洛尔这种降压的药物；还有钙离子拮抗剂，像氟桂利嗪、维拉帕米等；抗惊厥的是抗癫痫的药物，像丙戊酸钠。还有托吡酯、加巴喷丁等，可以用来预防这种偏头疼的发作。还有抗焦虑抑郁的药，SSRI、SNRI类药物，像常用的阿米替林或文拉法辛都可以用于偏头疼。目前国外其实还有一种新型的抗偏头疼预防用药，像降钙素基因相关肽，每月打一次，比较方便。