乳腺囊肿通常是一类良性病变。但是如果乳腺囊肿里面合并有实性成分，或者合并感染、有压迫症状，患者囊肿如果超过五公分且是明显的肿块，而且担心囊肿附近有其他病变引起囊肿的增大，这种情况就需要进行手术干预。乳腺囊肿的手术方法，比如可以通过囊液抽吸，或者在囊内注射药物使囊皮粘连，或者完整的开放手术切除，以及微创旋切的方法让囊皮破坏，这些方法都可以进行囊肿的手术。
但是乳腺囊肿的开放手术切除创伤较大，所以如果患者的囊肿没有可疑恶变，或者没有严格的手术指证，囊肿就不需要做特殊的手术干预。但是如果乳腺囊肿旁边合并有可疑的导管占位，或者是感觉囊皮不是很完整，怀疑囊肿里面有实性的成分，就考虑需要手术或者活检，有时也需要通过穿刺，或者囊液细胞学检查进一步明确囊肿的性质；如果囊肿有恶变风险，还是需要手术治疗。