小儿肛瘘主要就是在肛瘘外口适当的扩创，然后把里面的坏死组织、脓液排干净，解除当时的症状，随年龄的增长，可能慢慢的自行就愈合了，不建议去做切开根治手术。
小儿肛瘘和成人的肛瘘一样，也是由于肛线感染引起，但是小儿肛瘘也有特殊的地方，首先小孩的肛线组织要比成年人的更为发达，一般成年人的肛线有七、八个左右，围绕在肛周不同位置。但是小孩的肛线是非常发达的，可能有二十几个、三十几个，这也是容易导致小孩发生肛瘘的一种原因。小儿的肛瘘通常不采取肛瘘切开根治的办法。因为小儿的肛线随小儿年龄长大以后，有很多肛线是会慢慢退化的，退化以后肛线不存在了，也是肛瘘感染的内口可能就不存在了。
小儿的肛瘘是有一定自愈的倾向的，另外由于小儿肛门周围的括约肌发育的还不是很完善，比较薄弱，如果在患者年龄比较小时，给他做肛瘘切开根治的手术，容易损伤到小孩过多肛门括约肌组织，可能会影响以后肛门的功能。