巧克力囊肿主要症状包括疼痛、盆腔疼痛、盆腔肿块、月经异常、不孕及其他临床症状，有25%患者无任何症状。
巧克力囊肿有很多种临床表现，其因人而异，症状与月经周期密切相关。疼痛有各种类型，包括痛经、慢性盆腔痛、性交痛、急腹症。痛经是巧克力囊肿主要症状，典型症状为继发性疼痛、进行性疼痛，疼痛多位于下腹、腰骶及盆腔中部。部分患者没有痛经，并非所有病人都有典型痛经。因此痛经不是诊断巧克力囊肿的必要症状。另外还有慢性盆腔痛和性交痛。急腹痛常常由于巧克力囊肿破裂引起。
巧克力囊肿主要症状还有月经异常，15%至30%患者有月经量增多、经期延长或不规则，可能与病灶破坏卵巢组织，影响卵巢功能有关。
子宫内膜异位症患者还会有不孕，其发生率高达50%。与以下因素有关，如盆腔解剖结构改变、盆腔内微环境改变、卵巢功能异常，所以自然流产率和不孕率明显升高。