小孩咳嗽不同的原因用不同的药物治疗，药物治疗包括祛痰类药物、抗组织胺类的药物、抗生素、平喘抗炎类药物、消化系统的药物、镇咳类药物。
一、祛痰类药物：慢性咳嗽如伴有痰，已祛痰为原则，不应单纯止咳，以免加重或导致气道阻塞，可以选用盐酸氨溴索，还有中药的祛痰剂。
二、抗组织胺类药物：氯雷他定、西替利嗪等。
三、抗生素类的药物：如果明确为细菌或肺炎支原体、衣原体感染的慢性咳嗽者可考虑使用抗生素药物。肺炎支原体或衣原体可选用大环内酯类抗生素，包括红霉素、阿奇霉素、克拉霉素等。其它病原感染，在初期的经验治疗后，如需调整抗生素，应按药名试验结果选用。
四、平喘类的药物：包括糖皮质激素、β受体的激动剂。一般糖皮质激素治疗2到4周以后再重新评估，感染后的咳嗽会自然缓解，对症状严重者可考虑短期吸入或者口服糖皮质激素、白三烯受体拮抗剂等药物。
五、消化系统药物。
六、镇咳的药物：慢性咳嗽，尤其是在未明确病因之前，不主张用镇咳药。
非药物治疗，应该去除、避免诱因，加重咳嗽的因素，避免接触过敏源、受凉、烟雾的影响。对气道异物者，应该要取出异物，另外药物诱发性的咳嗽，最好的治疗方法就是停药。