自1983年通过胃镜取活检标本，以及分离培养幽门螺杆菌成功以来，对幽门螺杆菌感染的诊断已经发展出了许多方法，包括有细菌学、病理学、血清学、同位素呼吸实验、分子生物学等；但是从标本采集的角度，可以分为侵袭性和非侵袭性这两大类方法。
第一，侵袭方法主要指必须通过胃镜取活检标本的方法，是目前消化病理学科的常见方法，也是常规的方法，它包括细菌分离培养和直接涂片，快速尿素酶试验、药敏试验。胃镜除了可以在看到胃部的情况，还可以顺手取一些活检组织，在做活检的同时对幽门螺杆菌进行检测；如果幽门螺杆菌呈阳性，还可以加细菌培养和药敏试验，对后续的药物治疗有指导意义，胃镜检测当然要取空腹。
第二，非侵袭性方法，主要是不通过胃镜取活检标本，诊断幽门螺杆菌标本的方法，包括碳13或者碳14，尿素呼气试验法。
一，碳13或碳14的检测方式很简单，也是要空腹吹口气就能完成，具有无痛苦、灵敏度高、检测率和符合率高的特征，是近年来很受欢迎的一种检测幽门螺杆菌的方法；
二，抗体测定法是通过空腹采取血液，或者尿液中的标本来查抗体；
三、抗原检测法，检查粪便中幽门螺杆菌的抗原。