如果长期滥用抗生素眼药水，一方面杀死了正常细菌，破坏了眼部的生态平衡，可能导致疾病的发生；另一方面，使细菌对药物产生耐药性，等到眼部发生细菌感染，需使用抗生素时，这些药物都无效了。
不同类别的眼药水副作用不一样。
抗生素类眼药水。长期使用的话，往往造成不良影响。因为在正常的眼睑、结膜囊等眼表面部位有多种微生物(主要是细菌，也可有真菌、病毒等)定居、生长和繁殖，在医学上称之为“正常菌群”，它们对保持人体生态平衡和内环境的稳定有重要作用。
激素类眼药水。这类药物有共同特点，可降低眼部的抵抗力，使眼部的细菌、病毒等感染病情加重，长期使用可能引起激素性青光眼、激素性白内障等眼病，所以这类药物应在医生的指导下使用，每半个月检查一次眼压，切不可自己到药店购买，盲目使用。