嘴巴长泡很痛主要原因是病毒或细菌感染，主要治疗方法是药物治疗。具体需在专业医生指导下根据病因进行治疗。
常见病毒如单纯疱疹病毒，主要是1型单纯疱疹病毒，可引起嘴唇群集性水泡，伴有疼痛或烧灼感。可以到医院皮肤科就诊，口服阿昔洛韦或者伐昔洛韦，局部外用阿昔洛韦软膏，碘伏消毒液。不吃辛辣刺激性食物，多吃新鲜蔬菜和水果。
如果疼痛比较明显，可以口服营养神经方面的药物，如维生素b1，甲钴胺片。细菌感染者，则为毛囊炎或疖肿，多为表皮葡萄球菌，金黄色葡萄球菌或者链球菌感染，可以口服消炎药物，如果不过敏可口服头孢菌素，外用莫匹罗星乳膏，红霉素软膏或夫西地酸乳膏。另外，隐翅虫皮炎也可能会出现水泡甚至脓疱，而且烧灼样疼痛。局部可以外用糖皮质激素乳膏和消炎的药膏。
水痘和带状疱疹也可以引起嘴唇起泡疼痛，需要到医院皮肤科就诊，口服药物抗病毒，营养神经治疗，同时外用抗病毒药物。