失眠抑郁症要明确有没有导致失眠的其躯体的原发的疾病，积极治疗原发的躯体疾病，可以采用心理治疗、药物治疗或者物理治疗和中医治疗。
药物可以选择具有催眠效果的抗抑郁药，对于患者有抑郁的情况，一定要在医生的指导下进行应用，不要随便地服药，因为药物有很大的副作用，可以选择曲唑酮，小剂量的曲唑酮，可以很好地改善患者的入睡困难。增加睡眠的连续性，可以帮助治疗失眠，还可以帮助治疗催眠药物停药以后的失眠反弹。
还可以选择米氮平，小剂量地米氮平也可以缓解患者的失眠的症状，对于患者如果睡眠表浅，或者早醒的患者可以选择这类药物。
临床上最主要应用的药物就是选择性的五羟色胺再摄取抑制剂，这类药物虽然没有明确的镇静催眠的作用，可以通过改善患者的抑郁和焦虑的症状来帮助患者改善失眠的情况，少部分患者采用五羟色胺再摄取抑制剂，可以帮助患者延长睡眠的潜伏期，但是这类药物会增加患者的失眠症状，所以这类药物建议在白天服用，还有选择性的五羟色胺和去甲肾源限速再摄取抑制剂，主要通过治疗焦虑和抑郁的症状，来改善患者的失眠，这类药物更适合同时伴随疼痛的患者，就是也有疼痛，有失眠的患者。抗抑郁药还可以跟苯二氮卓类的镇静催眠药联合使用，来改善患者的失眠的症状。