牙槽脓肿治疗时，最好从病因出发，尽量清除发炎牙髓组织，之后做根管填充治疗，避免炎症恶化进一步破坏牙齿组织。
牙槽脓肿在临床诊断上，属于牙根尖周炎的范畴。牙根尖周炎，感染来源是牙齿内牙髓组织。牙齿出现龋病，牙齿硬组织出现缺损，牙齿内牙髓即软组织的血运或受到微生物刺激，可能产生不可逆炎症，牙髓炎症逐渐向根尖方向发展，逐渐造成牙根周围炎症。表现为牙齿咬合疼痛，牙龈上出现脓包。
对牙槽脓肿治疗，主要分两步：
一、根据病因来源治疗，即清理发炎的牙髓组织。系统的牙髓治疗叫做根管治疗，把牙髓发炎软组织尽量清理干净，然后对根管进行严密充填，避免炎症组织进一步破坏。
二、若牙龈上脓包，脓液聚集特别多，影响正常进食，对病人造成影响比较大后，可考虑在牙龈上进行脓肿切开引流，把聚集的脓液尽量排出来，也能减轻患者不适感。