正常阴道内虽有多种微生物存在，但这些微生物与宿主间相互依赖、相互制约，达到动态的生态平衡，并不致病。在维持阴道微生态平衡的因素中，局部pH、乳杆菌以及阴道黏膜免疫系统起重要作用，雌激素可使阴道鳞状上皮增厚，并增加糖原的含量，后者可在乳杆菌的作用下转化为乳酸，维持阴道正常的酸性环境。
此外，雌激素还可维持阴通黏膜兔疫功能，尤其是T 细胞功能。阴道的酸性环境可以抑制其他细菌生长，而利于阴道乳杆菌的生长。正常情况下，阴道微生物群中的乳杆菌为优势菌，其除了维持阴道的酸性环境外，还可分泌 H2O2、细菌素及其他抗微生物因子抑制或杀灭致病微生物，同时可阻止致病微生物黏附于阴道上皮细胞维持阴道微生态平衡。若阴道微生态平衡被打破，则可能导致时阴道感染的发生。雌激素水平低下的婴幼儿及绝经后人群可发生要幼儿外阴炎及萎缩性阴道炎。阴道的酸性环境被改变，如频繁性交、阴道灌洗等均可使阴道 pH 升高，不利于乳杆菌生长，若厌氧菌过度生长可导致细菌性阴道病。长期应用广谱抗生素，可抑制乳杆菌生长，若真菌过度增殖，可导致外道假丝酵母菌病。外源性病原体如阴道毛滴虫的侵入，可导致滴虫阴道炎。