巧克力囊肿的常见症状为疼痛、盆腔包块和不孕。疼痛主要表现为痛经，月经来潮前或者其前后下腹部为主的疼痛。疼痛可能与月经周期有关系，也可能与月经周期无关，时轻时重。此外，还可引起深部性交痛。巧克力囊肿破裂会引起急性下腹痛，这种情况需要急诊手术治疗。巧克力囊肿是引起不孕的常见原因，在不孕患者中，50%的病因与巧克力囊肿有关系。
子宫内膜异位症引起不孕的原因很多，可能是卵巢功能本身的问题，或者腹腔微环境的问题。巧克力囊肿形成病灶以后，由于每月一次的反复病灶出血，巧克力囊肿会逐渐长大，长大的过程中，如果张力过大，囊肿就会破裂。如果内容物较多或者较大，就会导致急性的剧烈腹痛；如果囊肿很小或者破口很小，破口可以自然闭合，但流出去的囊内液会导致囊肿与周围器官粘连。