尿道下裂的治疗包括：尿道的修复，阴茎的矫直，对伴发畸形的矫正。
尿道下裂发生在很多儿童身上，很多小孩因此不能像正常人一样生活。尿道的修复是把尿道整个修复，让尿从尿道口出来，阴茎的矫直因为尿道下裂患者存在阴茎弯曲，伴发畸形的出现，比如阴茎阴囊转位、阴囊分裂的矫正，还有阴茎发育过小，需要做阴茎延长、增粗等。另外有些尿道下裂患者伴发其他畸形，比如疝气、手脚发育畸形，也需要同时进行矫正。
尿道下裂是一种男性尿道开口位置异常的先天性缺陷，尿道口可分布在正常尿道口至会阴部的连线上，多数病人可伴有阴茎向腹侧弯曲。目前原因不明，考虑可能与基因突变、遗传及孕期药物、辐射有关。比较轻微的、位于正常尿道口下方的尿道下裂不影响生活，可以不治疗。只要不能正常排尿和性生活者，均需手术治疗。手术治疗是为了恢复阴茎的排尿和性交功能。