毛囊炎根据炎症的具体原因来选择性的口服药物，常用药物有抗生素类药物、中成药、抗真菌类的药物、抗组胺药物等等。
毛囊炎是由于细菌感染导致，主要是吃抗生素类的药物。毛囊炎是头面部位的，或由于痤疮而诱发的化脓性毛囊炎，可以口服多西环素、美满霉素、红霉素、交叉霉素、阿奇霉素等，都具有一定的消炎作用。可以适当的配合口服中成药进行治疗，口服益金片、益金胶囊、牛黄上清胶囊、六神丸等进行清热解毒。
毛囊炎同时伴有炎症性的反应，而且局部潮红以及出现热象，可以适当的配合口服中成药，比如口服龙胆泻肝丸或防风通圣颗粒等进行清热解毒。有的毛囊炎并不是细菌感染导致，是由于真菌感染导致，可以适当的口服抗真菌类的药物，可以口服伊曲康唑、特比萘芬、酮康唑等进行治疗。
但口服药物前要检查患者的肝功能是否正常，如果异常就不要吃，如果正常就可以正常的口服。毛囊炎是由于嗜酸性毛囊炎导致，就需口服抗组胺药物，同时可以配合口服糖皮质激素，比如口服强的松等。